2012. 3. 29. 22:16
dynamic FBA
* Batch culture에서 시간의 흐름에 따라 growth, nutrient uptake, 부산물의 배출 예측하기 위해 이용
* Batch와 Fed-batch 모두 이용가능
command line
model = readCbModel('Ec_iJR904_GlcMM'); 모델 불러오기
model = changeRxnBounds(model, {'EX_glc(e)','EX_o2(e)'}, [-10 -18], 'l'); mmol/g DW·h
substrateRxns = {'EX_glc(e)'}; 초기 배양액의 기질 농도의 exchange reaction
initConcentrations = 10 substrateRxn vector의 초기 농도, glucose 10mM
initBiomass = .035; biomass 초기량 0.35 gDW/L
timeStep = .25; 시간단위 → 15분
nSteps = 20; time step의 최대값
plotRxns = {'EX_glc(e)','EX_ac(e)'}; 특정 metabolite의 농도 변화를 그래프로
dynamicFBA(model, substrateRxns, initConcentrations, initBiomass, timeStep, nSteps, plotRxns); dFBA 실행