MBN's Blog

http://www.cyworld.com/activemj/3070723

참고하세요 ^^

X 윈도우 사용법

1. exceed 설치

2. putty 설치

3. xstart 실행

4. application 선택

5. command에 putty 설정

6. putty에서 설정 -> X11 포워딩 사용  체크

* UMLS CD에서 필요한 자료

1. MRSAB

2. MRCONSO : 총 데이터

3. MRREL

4. MRCOC

5. MRHIER : 각 분류를 HIERARCHY하게 나타낸 것

* UMLS 각 용어들은 MRREL 을 통해 서로 연결되어 있다. 기본키는 CUI CODE이다.

* 설치시 source list에서 반드시 kcd5 를 선택하도록 하자.

============== 여기부터 읽으면 됰ㅋㅋ ===============

<Creating a Database>

데이터베이스를 만드는데 언어 설정이 중요한데 UTF-8을 사용하자.

my.ini 수정

key_buffer = 300M

table_cache = 300

sort_buffer_size = 20M

read_buffer_size = 20M

query_cache_limit = 3M

query_cache_size = 100M

query_cache_type

=> A value of 0 or OFF prevents caching or retrieval of cached results.

=> A value of 1 or ON allows caching except of those statements that begin with SELECT SQL_NO_CACHE.

=> A value of 2 or DEMAND causes caching of only those statements that begin with SELECT SQL_CACHE.

<Metathesaurus Load Scripts for MySQL>

* 먼저 설치할 SQL 데이터 서버 구축 -> 설치할 데이터베이스 생성

* 제대로 설치했다면, "populate_mysql_db.bat" 파일(MYSQL 데이터베이스에 스크립트를 로드시키는데 사용)과 SQL 스크립트가 들어있을 것이다.

* 스크립트에서 다음 4줄을 수정하라!(populate_mysql_db.bat)

set MYSQL_HOME=<path to MYSQL_HOME>

set user=<username>

set password=<password>

set db_name=<db_name>

(예시)

set MYSQL_HOME="C:\APM_Setup\Server\MySQL5"

set user=mbnmbn00

set password=p4ssw0rd

set db_name=umls

* 설정이 끝났다면 populate_mysql_db.bat 더블클릭!!

* 주의사항 : 데이터베이스의 비밀번호가 없다면 편집할 때 -%password% 를 삭제한다.(3개)

http://sbml.org/Facilities/Validator

SBML modeling 후 COBRA toolbox 등이 읽어오지 못할때,

3000줄이 넘는 텍스트 파일에서 오류를 발견하기란 거의 불가능 하다.

sbml 사이트에서는 이와같은 문제를 해결해주는 tool을 제공하고 있다. ^^

* 범위 지정 찾아 바꾸기

   :.,345s/foo/bar 커서부터 345줄까지 'foo'를 'bar'로 바꾸기

   :345,$s/foo/bar 345줄부터 끝까지 'foo'를 'bar'로 바꾸기

(여기서 . 은 현재 커서위치를 $ 는 문서의 마지막을 ^는 문서의 처음을 의미한다)